Lễ hội chùa Minh Khánh kéo dài 3 ngày liền, chính hội tổ chức vào ngày 1/11 Âm lịch hàng năm, kỷ niệm ngày đức vua Trần Nhân Tông viên tịch trên núi Yên Tử. Phần lễ có lễ rước sắc, rước mâm ngũ quả, lễ mộc dục và lễ tế. Phần hội gồm các trò chơi: cờ người, múa rối nước, chèo, thi mâm ngũ quả, thi làm bánh dầy….